U ožujku 1993. godine srpska vojska do TEMELJA je razorila svetište Svetog Ive u Podmilačju. To se dogodilo 1. ožujka u 6 sati navečer. Mještani svjedoče da se začula snažna eksplozija prilikom koje je srušena velika crkva Sv. Ive, a u njezinu sklopu i ona stara iz srednjeg vijeka. Sve što je tada spašeno bio je čudotvorni kip Svetoga Ivana Krstitelja.

Svetkovina Sv. Ive slavljena je i u progonstvu, 1993. godine u Cerniku kod Gradiške, 1994. godine u Podhumu kod Livna, Zagrebu i Trogiru, a 1995. godine u Novoj Biloj. Nakon proteklog rata ova zavjetna crkva u cijelosti je rekonstruirana. U međuvremenu je izgrađena i nova crkva s vanjskim oltarom i župnom kućom.

Prvo je srušenu crkvu zamijenio donirani šator, a potom je izgrađena drvena baraka za molitveni prostor ispod ceste i brvnara za stambeni prostor iznad ceste. Povratkom sve većeg broja župljana počinje izgradnja zavjetne crkvice Svetog Ive u onom obliku kakva je bila u vrijeme njezine izgradnje prije više stotina godina, čime je službeno počela obnova svetišta u Podmilačju. Postrojbe HVO-a, na molbu podmilačkih franjevaca, probile su put uz brdo Grabež iznad svetišta, uz koji su postavljeni drveni križevi za četrnaest postaja od zavjetne kapelice do na vrh Grabeža, gdje se nalazi improvizirani oltar. Ovdje se pobožnost Puta križa obavlja na uočnicu blagdana Sv. Ive, 23. lipnja i na Cvjetni petak.

Podmilačko svetište nadaleko je poznato kao pokorničko i zavjetno mjesto. O tome svjedoče i mnogi zapisi iz prošlosti, posebno oni koji se odnose na mise za bolesnike, koje slave na uočnicu na dan Sv. Ive 24. lipnja i na kojima uz katolike sudjeluju i pripadnici drugih vjera, što je još jedna posebnost ovog svetišta. Uoči samog Ivandana ovdje se skupljaju deseci tisuća vjernika, piše HMS.

Nakon što je dobivena suglasnost Vrhbosanskog ordinarijata počinje se sa izgradnjom nove velike crkve u Podmilačju. S iskopima se započelo u ožujku 2004. godine. Iako izgradnja nove crkve još nije završena ona se gradi tako da je locirana u stijeni na sjevernoj strani doline i zajedno sa starom crkvicom čini široki svečani portal kroz koji se ulazi u dolinu Sv. Ivana.

Čudotvorno svetište

Od 1959. do 1973. godine zabilježena su u Kronici podmilačke župe 42 slučaja ozdravljenja. Posebnu skupinu bolesnika koji dolaze u Podmilačje čine duševni bolesnici. Neki nepoznati očevidac piše 1896. godine da je hodočasnika u Podmilačju bilo 7.000 do 8.000. Deset godina poslije dopisnik je izvijestio kako se na blagdan Sv. Ive zgrne ‘u Podmilačje 8.000 – 10.000 ljudi osim iz Bosne i Hercegovine, također iz Hrvatske, Slavonije, Srbije, iz same Turske te dodaje da je na ‘svim željezničkim postajama bila tolika navala svijeta da su i teretne vagone morali prikopčavati i puniti hodočasnicima. Svakakvih se može vidjeti ljudi i nošnja’ Na dalje tvrdi ‘Jedan mi željeznički činovnik kaza, da je jutros razgovarao s nekim Turčinom , koji je čak iz Carigrada amo došao, i to bosonog iz poštovanja prema Sv. Ivi’.

Poslije rata pa sve do 1959. godine nije vođena evidencija o proslavi sv. Ive u Podmilačju. Od tada pa dalje imamo dosta pouzdane podatke, koji pokazuju da broj hodočasnika sve više raste. Godine 1959. došli su brojni hodočasnici iz svih krajeva, 1960-ih bilo ih je 14.000 – 15.000. Godine 1968. već oko 50.000. Tijekom sljedećih deset godina broj hodočasnika kreće se od 50.000 do 60.000.. godine 1974. evidentirano je oko 100.000 hodočasnika.